Красноярская система водоотведения делится на две самостоятельные структуры: левобережную с выходом на левобережные очистные сооружения (ЛОС) и правобережную — правобережные очистные сооружения (ПОС).

Первым пунктом очистки становятся канализационно-насосные станции (КНС). 

Доля услуг водоотведения красноярского водоканала в общегородском объеме составляет 100%.

Перед сбросом в Енисей красноярский водоканал очищает все поступающие в городскую канализацию хозяйственно-бытовые стоки. Очистка практически по всем показателям осуществляется в пределах установленных лимитов. Для очистных сооружений утверждены нормативы по 27 показателям. Нормативы допустимого сброса установлены для выпусков «КрасКома» в водоем очень строгие, в связи с тем что очищенная вода возвращается в водоем первой категории рыбохозяйственного значения. Поэтому установленные нормативы допустимого сброса (НДС) загрязняющих веществ по некоторым показателям жестче, чем показатели для питьевой воды.